สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดอุบลราชธานี เริ่มแรกก่อตั้งได้อาศัยห้องว่าการมณฑลอุบลราชธานี (ปัจจุบันเป็นที่ตั้งพิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติอุบลราชธานี) เรียกชื่อว่า สำนักงาน สาธารณสุขมณฑลอุบลราชธานี ซึ่งมีพระพรพิทักษ์ (รัตน์ ทรัพยานนท์) เป็น สาธารณสุขมณฑลคนแรก ในปี พ.ศ. 2469 ต่อมามีการเปลี่ยนแปลงชื่อมณฑล จึงเปลี่ยนเป็นนายแพทย์อนามัยจังหวัด ซึ่งมีผู้ดำรงตำแหน่งนายแพทย์อนามัยจังหวัดต่อ ๆ มาตามลำดับ
1. ขุนบำเพ็ญ สุขกิจ ( ผัน บุญยพุกนะ ) พ.ศ. 2469 - 2473
2. ขุนสุทรรศนามัย ( สุทรรศน์ สัมปัตตะวนัช ) พ.ศ. 2473 - 2476
3. ขุนสุขกิจบำรุง ( ยัง เลขะวัฒนะ ) พ.ศ. 2476 - 2476
4. ขุนสุทรรศนามัย ( สุทรรศน์ สัมปัตตะวนัช ) พ.ศ. 2482 - 2486
5. ขุนวินิจสุขเวชช์ ( เจียม ศิริปุชกะ ) พ.ศ. 2486 - 2498
ต่อมาในปี พ.ศ. 2496 ขุนวินิจสุขเวชช์ ( เจียม ศิริปุชกะ ) ได้รับงบประมาณจาก กองควบคุมโรคติดต่อ กรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข ในสมัยหลวงพยุงเวชศาสตร์เป็นอธิบดี นายแพทย์ประเมิน จันทรวิมล เป็นหัวหน้ากอง มาสร้างอาคารที่ทำการใหม่ ที่ริมฝั่งแม่น้ำมูล จึงได้ย้ายที่ทำการจากศาลากลางจังหวัด มาอยู่ที่อาคารหลังใหม่ เรียกชื่อว่า ที่ทำการอนามัยจังหวัดอุบลราชธานี ผู้ดำรงตำแหน่งนายแพทย์อนามัยจังหวัดคนต่อมา คือ นายแพทย์เขียน กรัยวิเชียร
ในปี พ.ศ. 2498 ได้รับงบประมาณจากกระทรวงสาธารณสุข ได้สร้างอาคารหลังที่ 2 ขึ้น เมื่อก่อสร้างเสร็จได้ใช้เป็นที่ทำการของ หน่วยงานกามโรคและคุดทะราท โดยมีนายวิทยา แสงสุขทอง พนักงานอนามัยตรี ทำหน้าที่หัวหน้าหน่วย ขึ้นตรงต่อนายแพทย์อนามัยจังหวัด ต่อมามีแผนกสงเคราะห์แม่และเด็ก ซึ่งก็ได้อาศัยส่วนหนึ่งของอาคารหลังนี้เป็นที่ทำการด้วย สำนักงานสาธารณสุขอุบลราชธานีได้ใช้อาคารหลังนี้เป็นหน่วยควบคุมกามโรคเรื่อยมา จนกระทั่งมีการชำรุดทรุดโทรมเป็นอย่างมาก แม้จะมีการซ่อมบำรุงรักษาอยู่เสมอ ประกอบกับความคับแคบในการทำงานของฝ่ายต่าง ๆ เกิดความไม่สะดวกต่อการปฏิบัติงาน การประสานงาน ตลอดจนการให้บริการประชาชน นายแพทย์สำเริง แหยงกระโทก จึงได้จัดทำแผนการก่อสร้างอาคารสำนักงานใหม ่ในปี พ.ศ. 2534 เพื่อของบประมาณจากสาธารณสุข แต่มีข้อจำกัดด้านงบประมาณ จึงไม่ได้รับการอนุมัติ
ต่อมานายแพทย์วุฒิไกร มุ่งหมาย ได้ขออนุมัติเงินเหลือจ่ายจากหมวดครุภัณฑ์และสิ่งก่อสร้างที่เหลือในปีงบประมาณ 2537 จำนวน 11,298,700 บาท เพื่อทำการก่อสร้างอาคารสำนักงานแห่งใหม่ขึ้น พร้อมทั้งกับขออนุมัติรื้อถอนอาคารที่ทำการหน่วย ควบคุมกามโรคและคุดทะราดเดิม ซึ่งเป็นบริเวณก่อสร้างอาคารใหม่ดังกล่าว ในการก่อสร้างอาคาร ได้ใช้แบบแผนกระทรวง สาธารณสุขตามแบบ เลขที่ 7216 และ 7216 / พิเศษ ซึ่งดัดแปลงมาจากอาคารอำนวยการวิทยาลัยสาธารณสุขสิรินธร เป็นอาคารหลังที่ 1 อาคารสำนักงานสาธารณสุข จังหวัดอุบลราชธานี หลังที่ 2 ก่อสร้างในปี พ.ศ. 2540 ทางด้านทิศตะวันตกของอาคารหลังเดิม โดยดัดแปลงจากแบบแปลน ของอาคารพัสดุ ให้สามารถใช้เป็นห้องสำนักงานของฝ่ายต่าง ๆ ของสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดอุบลราชธานี อาคารหลังที่ 3 เป็นอาคารที่ทำการสำนักงานหลังเดิม
รายนามผู้บริหารสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดอุบลราชธานี
สาธารณสุขมณฑลอุบลราชธานี
พระพรพิทักษ์ ( รัตน์ ทรัพยานนท์ ) พ.ศ. 2469
นายแพทย์อนามัยจังหวัด
1. ขุนบำเพ็ญ สุขกิจ ( ผัน บุญยพุกนะ) พ.ศ. 2469 – 2473
2. ขุนสุทรรศนามัย ( สุทรรศน์ สัมปัตตะวนิช ) พ.ศ. 2473 – 2476
3. ขุนสุขกิจบำรุง ( ยัง เลขะวัฒนะ ) พ.ศ. 2476 – 2476
4. ขุนสุทรรศนามัย ( สุทรรศน์ สัมปัตตะวนิช ) พ.ศ. 2482 – 2486
5. ขุนวินิจสุขเวชช์ ( เจียม ศิริปุชกะ ) พ.ศ. 2486 – 2496
6. นายแพทย์เขียน กรัยวิเชียร พ.ศ. 2496 – 2498
7. นายแพทย์ไพโรจน์ นิงสานันท์ พ.ศ. 2498 – 2498
8. นายแพทย์มะลิ ไทยเหนือ พ.ศ. 2498 – 2503
9. นายแพทย์เขียน กรัยวิเชียร พ.ศ. 2503 – 2507
10. นายแพทย์สวิช ราษฎร์จำเริญสุข พ.ศ. 2507 – 2516
นายแพทย์ใหญ่จังหวัด
1. นายแพทย์พิสุทธิ์ อุตตะโมท พ.ศ. 2516 – 2516
2. นายแพทย์สวิช ราษฎร์จำเริญสุข พ.ศ. 2516 – 2519
นายแพทย์สาธารณสุขจังหวัด
1. นายแพทย์สวิช ราษฎร์จำเริญ พ.ศ. 2519 – 2520
2. นายแพทย์ยรรยง ภูตระกูล พ.ศ. 2520 – 2528
3. นายแพทย์ชัยชนะ สุวรรณเวช พ.ศ. 2529 – 2530
4. นายแพทย์อนันต์ เมนะรุจิ พ.ศ. 2530 – 2533
5. นายแพทย์สำเริง แหยงกระโทก พ.ศ. 2533 – 2536
6. นายแพทย์วุฒิไกร มุ่งหมาย พ.ศ. 2536 – 2539
7. นายแพทย์อัครเดช เพ็ญศิริ พ.ศ. 2539 – 2545
8. นายแพทย์วีระวัฒน์ พันธ์ครุฑ พ.ศ. 2545 – 2546
9. นายแพทย์วุฒิไกร มุ่งหมาย พ.ศ. 2546 – 2553
10. นายแพทย์สุรพร ลอยหา พ.ศ. 2553 – 2559
11. นายแพทย์จิณณพิภัทร ชูปัญญา พ.ศ. 2559 - 2561
12. นายแพทย์สุวิทย์ โรจนศักดิ์โสธร พ.ศ. 2561 - 2565
13. นายแพทย์ธีระพงษ์ แก้วภมร พ.ศ. 2565 - ปัจจุบัน
ผอ.สนง.ส่งเสริมวิชาการและบริการสาธารณสุข
1. นายแพทย์บุญเกียรติ ประภาประเสริฐ พ.ศ. 2520 – 2525
2. นายแพทย์ลือชา วนรัตน์ พ.ศ. 2525 – 2526
3. นายแพทย์วีระชัย ปิตะวรรณ พ.ศ. 2526 – 2531
ผู้เชี่ยวชาญด้านเวชกรรมป้องกัน
1. นายแพทย์วีระชัย ปิตะวรรณ พ.ศ. 2531 – 2532
2. นายแพทย์วิจิตร หวังประเสริฐกุล พ.ศ. 2532 – 2534
3. นายแพทย์วุฒิไกร มุ่งหมาย พ.ศ. 2534 – 2535
4. นายแพทย์ประยงค์ คณาพันธ์ พ.ศ. 2535 – 2536
5. นายแพทย์สมาน ชัยสิทธิ์ พ.ศ. 2536 – 2537
6. นายแพทย์สุรพร ลอยหา พ.ศ. 2537 – 2542
7. นายแพทย์สุใหญ่ หลิ่มโตประเสริฐ พ.ศ. 2542 – 2545
8. นายแพทย์ชัยพร พรหมสิงห์ พ.ศ. 2545 – 2548
9. นายแพทย์สุวิทย์ โรจนศักดิ์โสธร พ.ศ. 2548 – 2553
นายแพทย์เชี่ยวชาญ (ด้านเวชกรรมป้องกัน)
1. นายแพทย์สุวิทย์ โรจนศักดิ์โสธร พ.ศ. 2553 - 2556
2. นายแพทย์ดนัย เจียรกูล พ.ศ. 2556 - 2560
3. นายแพทย์พิทักษ์พงษ์ จันทร์แดง พ.ศ. 2559 - ปัจจุบัน
4. นายแพทย์ภิรักษ์ รุ่งพัฒนาชัยกุล พ.ศ. 2561 - ปัจจุบัน
ผู้เชี่ยวชาญด้านสาธารณสุข
1. นายทองอินทร์ ผ่องใส พ.ศ. 2532 – 2536
2. นายแพทย์สุรพร ลอยหา พ.ศ. 2536 – 2537
3. นายนิพนธ์ มานะสถิตพงศ์ พ.ศ. 2537 – 2540
นักวิชาการสาธารณสุขเชี่ยวชาญ (ด้านส่งเสริมพัฒนา)
1. นายนิพนธ์ มานะสถิตพงศ์ พ.ศ. 2540 - 2554
2. นางสาวไพรัช บุญจรัส พ.ศ. 2554 - 2555
3. นางศิริวิทย์ หลิ่มโตประเสริฐ พ.ศ. 2556 - 2560
4. นางพรนภัส ประเสริฐไทยเจริญ พ.ศ. 2560 - 2564
5. นายประทีป บุญธรรม พ.ศ. 2564 - ปัจจุบัน
นักวิชาการสาธารณสุขเชี่ยวชาญ (ด้านบริหารสาธารณสุข)
1. นายลำพูน ฉวีรักษ์ พ.ศ. 2555 - 2559
2. นายอดุลย์ วรรณชาติ พ.ศ. 2560 - 2563
3. นายสุทธิพงษ์ ภาคทอง พ.ศ. 2563 - 2565
4. นายทนงศักดิ์ หลักเขต พ.ศ. 2565 - ปัจจุบัน
นักวิชาการสาธารณสุขเชี่ยวชาญ (ด้านบริการทางวิชาการ)
1. นางปริญญา ผกานนท์ พ.ศ. 2551 - 2555
2. นายประสพ สารสมัคร พ.ศ. 2556 - 2558
3. นายประสิทย์ พันธ์จูม พ.ศ. 2559 - 2559
4. นางสิริพร วงศ์ตรี พ.ศ. 2560 - 2564
5. นายธานินทร์ ไชยานุกูล พ.ศ. 2564 - ปัจจุบัน